몬스터볼이 없고, 포켓몬들을 이용한 전쟁이 계속되던 먼 옛날, 파동의 용사 아론은 ‘세계가 시작하는 나무‘의 힘으로 전쟁을 끝내고 사라진다. 전설로 내려오는 아론을 기리는 축제가 한창인 로타마을, 치열한 포켓몬 시합에서 지우가 우승하며 받은 아론의 지팡이에서 아론의 파트너인 루카리오가 봉인 해제되고, 뮤는 피카츄를 데리고 ‘세계가 시작하는 나무’로 사라진다! 피카츄를 찾기 위해 루카리오와 함께 떠나는 지우 일행! 그러나 ‘세계가 시작하는 나무‘는 붕괴 위기에 빠지게 되는데…